MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 plasmid pRSF1010_SL1344

Total Repeats: 170

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017719	TTTC	2	8	44	51	0 %	75 %	0 %	25 %	386730647
2	NC_017719	GCC	2	6	55	60	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730647
3	NC_017719	GT	3	6	96	101	0 %	50 %	50 %	0 %	386730647
4	NC_017719	GCG	3	9	124	132	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730647
5	NC_017719	GC	4	8	188	195	0 %	0 %	50 %	50 %	386730647
6	NC_017719	ACAG	2	8	214	221	50 %	0 %	25 %	25 %	386730647
7	NC_017719	AGC	2	6	291	296	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730647
8	NC_017719	A	6	6	303	308	100 %	0 %	0 %	0 %	386730647
9	NC_017719	GC	3	6	372	377	0 %	0 %	50 %	50 %	386730647
10	NC_017719	CGC	2	6	387	392	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730647
11	NC_017719	ATG	2	6	403	408	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730647
12	NC_017719	CTGC	2	8	434	441	0 %	25 %	25 %	50 %	386730647
13	NC_017719	ACG	2	6	463	468	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730647
14	NC_017719	GAT	2	6	478	483	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730647
15	NC_017719	CAC	2	6	545	550	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730647
16	NC_017719	CGAG	2	8	590	597	25 %	0 %	50 %	25 %	386730647
17	NC_017719	CG	3	6	643	648	0 %	0 %	50 %	50 %	386730647
18	NC_017719	GCG	2	6	673	678	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730647
19	NC_017719	ATG	2	6	823	828	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730647
20	NC_017719	TAA	4	12	854	865	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386730648
21	NC_017719	AGA	2	6	954	959	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386730648
22	NC_017719	GCC	2	6	1157	1162	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730649
23	NC_017719	CGC	2	6	1189	1194	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730649
24	NC_017719	CCAGC	2	10	1210	1219	20 %	0 %	20 %	60 %	386730649
25	NC_017719	GGC	2	6	1254	1259	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730649
26	NC_017719	CA	3	6	1356	1361	50 %	0 %	0 %	50 %	386730649
27	NC_017719	GCA	2	6	1371	1376	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730649
28	NC_017719	GGCG	2	8	1377	1384	0 %	0 %	75 %	25 %	386730649
29	NC_017719	GCC	2	6	1435	1440	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730649
30	NC_017719	TCG	2	6	1499	1504	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730649
31	NC_017719	CAG	2	6	1519	1524	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730649
32	NC_017719	GAT	2	6	1558	1563	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730649
33	NC_017719	CAC	2	6	1614	1619	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730649
34	NC_017719	ACC	2	6	1670	1675	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730649
35	NC_017719	CCA	2	6	1788	1793	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730649
36	NC_017719	ATC	2	6	1813	1818	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730649
37	NC_017719	ACGTC	2	10	1875	1884	20 %	20 %	20 %	40 %	386730649
38	NC_017719	TGC	2	6	1890	1895	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730649
39	NC_017719	CAC	2	6	1996	2001	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730649
40	NC_017719	CGG	2	6	2038	2043	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730650
41	NC_017719	CCG	2	6	2055	2060	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730650
42	NC_017719	GCC	2	6	2065	2070	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730650
43	NC_017719	ACC	2	6	2074	2079	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730650
44	NC_017719	GAA	2	6	2129	2134	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386730650
45	NC_017719	GTC	3	9	2144	2152	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730650
46	NC_017719	CCTCGG	2	12	2164	2175	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386730650
47	NC_017719	CTG	3	9	2246	2254	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730650
48	NC_017719	CAT	2	6	2267	2272	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730650
49	NC_017719	CGG	2	6	2323	2328	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730650
50	NC_017719	TTC	2	6	2378	2383	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730650
51	NC_017719	GGC	3	9	2422	2430	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730650
52	NC_017719	CGG	2	6	2434	2439	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730650
53	NC_017719	ATG	2	6	2472	2477	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730650
54	NC_017719	CAG	2	6	2507	2512	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730650
55	NC_017719	TGA	2	6	2574	2579	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730650
56	NC_017719	CGG	2	6	2599	2604	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730650
57	NC_017719	CAG	2	6	2645	2650	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730650
58	NC_017719	CAC	2	6	2707	2712	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730650
59	NC_017719	CCA	2	6	2743	2748	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730650
60	NC_017719	GGC	2	6	2775	2780	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730650
61	NC_017719	GCT	2	6	2781	2786	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730650
62	NC_017719	ATTG	2	8	2826	2833	25 %	50 %	25 %	0 %	386730650
63	NC_017719	TTC	2	6	2902	2907	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730651
64	NC_017719	TCG	3	9	2933	2941	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730651
65	NC_017719	CAG	2	6	3025	3030	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730651
66	NC_017719	ACAAGG	2	12	3112	3123	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386730652
67	NC_017719	GACC	2	8	3245	3252	25 %	0 %	25 %	50 %	386730652
68	NC_017719	T	6	6	3262	3267	0 %	100 %	0 %	0 %	386730652
69	NC_017719	GCCC	2	8	3355	3362	0 %	0 %	25 %	75 %	386730653
70	NC_017719	GGTGCC	2	12	3384	3395	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386730653
71	NC_017719	GCTGG	2	10	3501	3510	0 %	20 %	60 %	20 %	386730653
72	NC_017719	GCG	2	6	3570	3575	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730653
73	NC_017719	TCA	2	6	3597	3602	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730653
74	NC_017719	GGC	2	6	3664	3669	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730653
75	NC_017719	CTG	2	6	3719	3724	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730653
76	NC_017719	CTG	2	6	3743	3748	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730653
77	NC_017719	CTG	2	6	3755	3760	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730653
78	NC_017719	GCA	3	9	3805	3813	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730653
79	NC_017719	GTG	2	6	3837	3842	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730653
80	NC_017719	GGC	2	6	3886	3891	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730653
81	NC_017719	CGT	2	6	3913	3918	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730653
82	NC_017719	GCG	2	6	3966	3971	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730653
83	NC_017719	TTC	2	6	3999	4004	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730653
84	NC_017719	GTC	2	6	4076	4081	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730653
85	NC_017719	CACCAG	2	12	4082	4093	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386730653
86	NC_017719	CGG	2	6	4111	4116	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730653
87	NC_017719	CGG	2	6	4183	4188	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730653
88	NC_017719	TCA	2	6	4204	4209	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730653
89	NC_017719	GGT	2	6	4217	4222	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730653
90	NC_017719	TTC	2	6	4302	4307	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730653
91	NC_017719	CCA	2	6	4314	4319	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730653
92	NC_017719	GAGCAA	2	12	4366	4377	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386730653
93	NC_017719	CAG	2	6	4387	4392	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730653
94	NC_017719	CAC	2	6	4393	4398	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730653
95	NC_017719	CAT	2	6	4405	4410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730653
96	NC_017719	GCG	2	6	4478	4483	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730653
97	NC_017719	CGG	2	6	4494	4499	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730653
98	NC_017719	GCC	2	6	4535	4540	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730653
99	NC_017719	CCG	2	6	4569	4574	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730653
100	NC_017719	CTG	2	6	4591	4596	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730653
101	NC_017719	TCG	2	6	4622	4627	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730653
102	NC_017719	TTC	2	6	4694	4699	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730653
103	NC_017719	GAT	2	6	4751	4756	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730653
104	NC_017719	CGGT	2	8	4797	4804	0 %	25 %	50 %	25 %	386730653
105	NC_017719	CCA	2	6	4828	4833	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730653
106	NC_017719	CGT	2	6	4906	4911	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730653
107	NC_017719	TCT	2	6	4999	5004	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730653
108	NC_017719	GCG	2	6	5055	5060	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730653
109	NC_017719	ATC	2	6	5094	5099	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730653
110	NC_017719	CGC	2	6	5119	5124	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730653
111	NC_017719	ATGG	2	8	5132	5139	25 %	25 %	50 %	0 %	386730653
112	NC_017719	CTG	2	6	5204	5209	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730653
113	NC_017719	CCT	2	6	5245	5250	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386730653
114	NC_017719	GCC	2	6	5257	5262	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730653
115	NC_017719	GCA	2	6	5286	5291	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730653
116	NC_017719	AGT	2	6	5296	5301	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730653
117	NC_017719	CGG	2	6	5302	5307	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730653
118	NC_017719	CGA	2	6	5314	5319	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730653
119	NC_017719	GCC	2	6	5420	5425	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730653
120	NC_017719	CTG	2	6	5430	5435	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730653
121	NC_017719	TGC	2	6	5467	5472	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730653
122	NC_017719	CAA	2	6	5680	5685	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386730655
123	NC_017719	GGC	2	6	5686	5691	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730655
124	NC_017719	GAA	2	6	5711	5716	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386730655
125	NC_017719	CAG	2	6	5765	5770	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730655
126	NC_017719	TGG	2	6	5805	5810	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730655
127	NC_017719	CAG	2	6	5836	5841	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730655
128	NC_017719	GGA	2	6	5851	5856	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386730655
129	NC_017719	GGC	2	6	5866	5871	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730655
130	NC_017719	GCC	2	6	5920	5925	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730655
131	NC_017719	GGC	2	6	6515	6520	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730656
132	NC_017719	CGGGAT	2	12	6534	6545	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386730656
133	NC_017719	GAA	2	6	6678	6683	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386730656
134	NC_017719	GCGG	2	8	6694	6701	0 %	0 %	75 %	25 %	386730656
135	NC_017719	GCG	2	6	6803	6808	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730656
136	NC_017719	GCC	2	6	6822	6827	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730656
137	NC_017719	TGA	2	6	6836	6841	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730656
138	NC_017719	AAC	2	6	6853	6858	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386730656
139	NC_017719	CTC	2	6	7072	7077	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386730657
140	NC_017719	GA	3	6	7164	7169	50 %	0 %	50 %	0 %	386730657
141	NC_017719	GTC	2	6	7213	7218	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730657
142	NC_017719	GGC	2	6	7246	7251	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730657
143	NC_017719	CCAG	2	8	7293	7300	25 %	0 %	25 %	50 %	386730657
144	NC_017719	ATG	2	6	7316	7321	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730657
145	NC_017719	ATG	2	6	7327	7332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730657
146	NC_017719	TCA	2	6	7371	7376	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730657
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150	NC_017719	GA	3	6	7584	7589	50 %	0 %	50 %	0 %	386730657
151	NC_017719	CTCCC	2	10	7653	7662	0 %	20 %	0 %	80 %	386730657
152	NC_017719	TCA	2	6	7697	7702	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730657
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155	NC_017719	AAGGC	2	10	7885	7894	40 %	0 %	40 %	20 %	386730658
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161	NC_017719	GCG	2	6	8189	8194	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730658
162	NC_017719	AAG	2	6	8215	8220	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386730658
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164	NC_017719	CAGA	2	8	8372	8379	50 %	0 %	25 %	25 %	386730658
165	NC_017719	GCC	2	6	8383	8388	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730658
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168	NC_017719	CGG	2	6	8521	8526	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730658
169	NC_017719	CAC	2	6	8561	8566	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730658
170	NC_017719	A	8	8	8631	8638	100 %	0 %	0 %	0 %	386730658

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.